Конвертация отличается от форматирования тем, что все файлы остаются там, где они и были, целыми и невредимыми.
Способы конвертации FAT в NTFS:
Вы можете выбрать опцию конвертации в процессе установки Windows XP. Программа установки начнёт проверять текущую файловую систему. Если это - NTFS, конвертировать раздел, естественно, не нужно. Если это - FAT или FAT32, программа установки даст вам возможность преобразования в NTFS.
В случае если вам не нужно сохранять ваши данные и у вас файловая система диска FAT32, рекомендуется полное форматирование а не конвертация раздела. (Форматирование стирает все данные с раздела.

Конвертация в NTFS и вычисление обьёма таблицы MFS
Чтобы преобразовать диск с FAT или FAT32 в NTFS, воспользуйтесь утилитой командной строки Convert (Start -> Run -> cmd). Синтаксис у неё такой:

convert d:/fs:ntfs

где d - буква нужного диска.
Утилита Convert может работать и в Windows, если выбранный диск не используется. Если же вы хотите преобразовать системный диск или диск, на котором размещён файл подкачки, в ответ будет выведено сообщение об ошибке. В таком случае вам придётся отложить начатое до следующего запуска Windows. После перезагрузки компьютера появится сообщение о том, что сейчас начнётся преобразование диска. У вас будет 10 секунд на то, чтобы отменить его. Если вы не прервёте операцию, Windows запустит утилиту Chkdsk, после чего проведёт автоматическую переразметку диска. Во время этого процесса компьютер перезагрузиться дважды.
Чтобы улучшить производительность системы, запустите команду Convert с ключом /Cvtarea. При этом основная таблица файлов (Master file table), содержащая информацию обо всех файлах и папках данного диска, будет создана в непрерывном свободном участке (без фрагментации). Хотя программа Дефрагментация диска, входящая в состав WindowsXP, работает с MFS, она не в состоянии переместить первый фрагмент. По сути, это ограничение гарантирует фрагментацию MFT, если только вы не будете следовать приведённым ниже рекомендациям по преобразованию диска в NTFS.
1. Дефрагментируйте диск, который вы хотите преобразовать, с помощью программы WindowsXP Дефрагментация диска.
2. Вычислите размер таблицы MFT. По умолчанию размер этой таблицы равен 12,5 % от размера раздела. На разделе в 10 Гбайт под таблицу будет отведено около 1,25 Гбайт.
3. С помощью команды Fsutil создайте новый непрерывный файл, равный по размеру таблице MFT. Этот файл должен находиться в корневой папке диска, подлежащего преобразованию. В нашем примере команда должна быть такой:

Fsutil file createnew c:\testfile.txt 1250000000

4. Вы можете указать любое имя файла. Объём файла (последний параметр) указывается в байтах.
5. Запустите команду Convert (Start -> Run -> cmd) со следующим синтаксисом:

convert c:/fs:ntfs /cvtarea:testfile.txt

6. Не забудьте указать нужную букву диска.
7. При необходимости перезагрузите компьютер.
Вы так же можете использовать Partion Magic (последняя версия 8.0), разработанную PowerQuest.

Способы конвертации NTFS в FAT : Хотя Microsoft официально не подтверждает возможность такой конвертации, это возможно.
Здесь вам поможет утилита, упомянутая выше - Partion Magic 7.0 Pro, 8.0 (не более ранних версий!).